Białka i kwasy nukleinowe 1400-216BKWN
Tematyka poszczególnych ćwiczeń:
1. Oczyszczanie lizozymu z białka jaja kurzego. Ćwiczenie zawiera elementy klasycznej kilkuetapowej procedury oczyszczania białek (uzyskanie materiału biologicznego i wyodrębnianie frakcji bogatej w oczyszczane białko, różnicowe wytrącanie, dializa, chromatografia jonowymienna, sączenie molekularne, elektroforeza białka w żelu). Porównanie wydajności czyszczenia między systemem zautomatyzowanym a ręcznym wykonaniem oczyszczania.
2. Oczyszczanie ludzkiego czynnika splicingowego z rodzin białek SR z komórek bakterii Escherichia coli. Ćwiczenie wykorzystuje nowoczesne złoża stosowane w chromatografii powinowactwa, umożliwiające oczyszczenie białka w jednoetapowej procedurze. Do oczyszczanego białka dodane są metodami inżynierii genetycznej znaczniki: krótka sekwencja aminokwasowa (6 x His) lub białko wiążące maltozę (MBP). W ćwiczeniu wykonywane są dwa rodzaje preparatyki – w warunkach natywnych i denaturujących.
3. Sporządzenie ekstraktu z komórek HeLa i oznaczenie aktywności topoizomerazy I in vitro. Ćwiczenie to przedstawia prostą metodę ekstrakcji białek z komórek człowieka pochodzących z hodowli komórek. Ilustruje także metodę badania aktywności enzymatycznej topoizomerazy I, która ma właściwości "relaksowania" superhelikalnego DNA. Wyniki elektroforezy DNA w żelu agarozowym pozwalają ocenić aktywność enzymatyczną tego enzymu w otrzymanym preparacie.
4. Własna analiza publikacji naukowych, skonstruowanie metody oczyszczania białka ze źródeł naturalnych oraz ocena skuteczności zaproponowanej procedury oczyszczania. Ćwiczenie składa się z dwóch elementów: zaplanowania własnej metody oczyszczania określonego białka ze źródeł naturalnych oraz oczyszczania tego białka i oceny jakości uzyskanego preparatu. Dzięki temu ćwiczeniu uczestnicy zajęć uzyskają umiejętność samodzielnego skonstruowania metody oczyszczania wybranych białek.
Koordynatorzy przedmiotu
Rodzaj przedmiotu
Tryb prowadzenia
Wymagania (lista przedmiotów)
Założenia (lista przedmiotów)
Założenia (opisowo)
Efekty kształcenia
Ma pogłębioną wiedzę w wybranych obszarach biotechnologii mikroorganizmów oraz inżynierii komórkowej na temat wyrażania i izolacji białek rekombinowanych, a także izolacji ze źródeł naturalnych. (S2_W01)
Zna zasady planowania badań oraz stosowania różnych narzędzi badawczych przy wyrażaniu i oczyszczaniu białek. (S2_W02)
Ma wiedzę dotyczącą samodzielnego planowania i prowadzenia prac doświadczalnych, krytycznej analizy wyników i ich opracowywania w formie nadającej się do dyskusji z prowadzącym. (S2_W04, S2_K01)
Zna słownictwo fachowe w języku angielskim w stopniu umożliwiającym korzystanie z literatury naukowej. (S2_U02)
Wykorzystuje zaawansowane techniki badawcze, właściwe dla kierunku biotechnologia zakładające oczyszczanie aktywnych preparatów białkowych. (S2_W04, S2_W05)
Potrafi zastosować właściwą technikę frakcjonowania materiału biologicznego i odpowiednie techniki chromatograficzne. (S2_W05)
Umie ocenić stopień czystości preparatu, jego potencjalne zastosowania, a w przypadku białek enzymatycznych umie oznaczyć aktywność. (S2_W05)
Wyciąga wnioski co do powodzenia wykonanego eksperymentu. (S2_W02, S2_K01)
Pracując w dwuosobowych zespołach samodzielnie planuje i przeprowadza zadania badawcze a następnie omawia wyniki. (S2_K03)
Jest odpowiedzialny za powierzony zakres prac badawczych, za pracę własną i innych. (S2_K04)
Wykazuje odpowiedzialność za ocenę zagrożeń wynikających ze stosowanych technik badawczych i tworzenie warunków bezpiecznej pracy. (S2_K04)
Kryteria oceniania
Student ma obowiązek wykonać cztery ćwiczenia opisane w części "pełny opis". Po przeprowadzeniu każdego ćwiczenia student powinien przedstawić wyniki prowadzącemu zajęcia, streścić przebieg ćwiczenia i zinterpretować wyniki. Prowadzący może zadać dodatkowe pytania, jednak nie wykraczające poza zakres omawianego ćwiczenia. Poprawne ustosunkowanie się do wyżej wymienionych punktów umożliwia zaliczenie ćwiczenia. Zaliczenie wszystkich ćwiczeń jest warunkiem umożliwiającym przystąpienie do prezentacji końcowej (na prawach egzaminu).
Podczas prezentacji końcowej uczestnicy zajęć w formie pisemnej (sprawozdanie albo plakat) lub ustnej prezentują wybrane zagadnienia odnoszące się do treści ćwiczeń lub własnych wyników z przeprowadzonych podczas zajęć procedur laboratoryjnych.
Prezentacja jest oceniana przez prowadzących zajęcia na podstawie kompletności przedstawionych informacji i wartości merytorycznej.
Praktyki zawodowe
Nie są wymagane.
Literatura
Hames, B.D. i Hooper, N.M. (2007) Krótkie wykłady: biochemia. PWN, Warszawa.
Kłyszejko-Stefanowicz, L., red. (1999) Ćwiczenia z biochemii. PWN, Warszawa.
Autor anonimowy (1998) Protein purification handbook. Amersham Pharmacia Biotech, Uppsala. (do wglądu z Zakładzie Biologii Molekularnej lub na stronie www.apbiotech.com)
Uwagi
|
W cyklu 2023L:
Informację o ocenie/ocenach i/lub preferencjach grup zajęciowych należy wpisać do forumarza: Białka i kwasy nukleinowe (1400-216BKWN) https://forms.gle/BnQrBetKHXHx6xjd9 |