Genomika porównawcza 1000-719GP2
1. Podstawowe pojęcia: geny, gatunki, genomy, ewolucja, uliniowienia, porównywanie sekwencji.
2. Modele ewolucji sekwencji.
3. Inferencja drzew: maksymalizacja wiarygodności, maksymalizacja parsymonii, metoda łączenia sąsiadów.
4. Metody bayesowskie.
5. Klastrowanie sekwencji molekularnych.
6. Metody klastrowania hierarchicznego.
7. Bootstrapping.
8. Metody konsensusowe.
9. Superdrzewa.
10. Drzewa uzgadniające.
11. Sieci filogenetyczne.
Koordynatorzy przedmiotu
Rodzaj przedmiotu
Efekty kształcenia
ma wiedzę o zaawansowanymi metodach stosowanych w genomice porównawczej (K_W04)
potrafi wykonywać obliczenia związane z porównywaniem genomów i interpretować ich wyniki (K_U07)
Kryteria oceniania
Projekt lab – razem 33 pkt. (wymagane 15)
Bonusy lab za zadania realizowane na labach – łącznie do 10 pkt.
Egzamin - 60 pkt.
Poziom zaliczenia - ok. 60 pkt.
Termin zerowy jeśli jest zaliczony projekt lab i >=50% bonusów lab.
Literatura
1. Joseph Felsenstein, Inferring Phylogenies
2. Paul G. Higgs, Teresa K. Attwood, Bioinformatics and Molecular Evolution
3. R. Durbin, S. Eddy, A. Krogh, G. Mitchson, Biological Sequence Analysis.