Architektura dużych projektów bioinformatycznych 1000-717ADP

Formaty danych w bioinformatyce.

Projekty Bioperl, Biopython i podobne.

Najważniejsze bioinformatyczne bazy danych (UniProt, PDB, RefSeq, GenBank, ENA, InterPro i inne).

Licencjonowanie oprogramowania dla nauki. Licencje wolno-dostępne. Patentowanie.

Rozwój dużych projektów, wykorzystanie systemów kontroli wersji (SVN, GIT), systemy współpracy online - github, sourceforge.

Testowanie oprogramowanie, automatyzacja testów.

Metadane, ontologie, schematy baz danych. Generic Model Organism Database (GMOD). BioMart i BioMoby.

Przeglądarki genomowe, wersje lokalne i online.

Systemy obliczeniowe o dużej wydajności (ang. High-performance computing, HPC)

Wprowadzenie do systemu Galaxy. Omówienie systemu Taverna. Użycie publicznie udostępnianych procedur z serwisu MyExperiment.

Pakiety obliczeniowe - Rstudio, jupyter

Kierunek podstawowy MISMaP

biotechnologia
biologia
informatyka

obowiązkowe

w sali

Umiejętność programowania w pythonie Podstawy bioinformatyki

- ma wiedzę o technologiach zarządzania danymi biologicznymi (K_W01)

- ma wiedzę o technologiach zarządzania oprogramowaniem bioinformatycznym (K_W02)

- ma podstawową wiedzę dotyczącą uwarunkowań prawnych i etycznych związanych z działalnością naukową i dydaktyczną (K_W11)

- potrafi tworzyć zaawansowane procedury analizy danych ( K_U03)

- umie posługiwać się systemami do tworzenia procedur bioinformatycznych (K_U04)

- potrafi w przystępny sposób opisać cel, założenia i algorytm procedury bioinformatycznej (K_U05)

oceny z prac domowych związanych z poszczególnymi laboratoriami oraz zespołowy projekt zaliczeniowy i prezentacja na wybrany temat

Materiały do wykładu na stronie www:

https://www.mimuw.edu.pl/~lukaskoz/teaching/adp/