Wstęp do bioinformatyki 2 1000-714BI2
Wykład oraz towarzysząca pracownia dają podstawy zastosowań informatyki i nauk obliczeniowych do analizy białek, projektowania leków, analizy obrazowej oraz wstępu do biologii systemów. Ramowy program jest następujący:
1. Struktury biopolimerów. Grafika molekularna – narzędzia
2. Metody symulacji (MM, MC, MD, BD, etc)
3. Zwijanie białek (jako proces)
4. Modelowanie struktur białek
5. Oddziaływania białko-białko i sieci oddziaływań
6. Podstawy projektowania leków.
7. OMIKi i analiza danych eksperymentalnych pochodzących z –omik
8. Literature mining
9. Systems biology (idea)
10. Analiza informacji obrazowej
Koordynatorzy przedmiotu
W cyklu 2024L: | W cyklu 2023L: |
Rodzaj przedmiotu
Efekty kształcenia
Studenci biegle i ze zrozumieniem posługują się podstawowymi narzędziami bioinformatycznymi dostępnymi w pakietach programów oraz w postaci serwisów internetowych.
Kryteria oceniania
Zaliczenie przedmiotu jest dwuetapowe i składa się z pozytywnego wyniku z laboratoriów uzyskanego na podstawie:
- wykonania projektu i przedstawienia wyników projektu w formie prezentacji (10-15 min.)
- test z wiedzy o budowie i organizacji struktury białek
- obecność na zajęciach (dopuszczalne dwie nieusprawiedliwione nieobecności)
Uzyskanie zaliczenia z laboratorium dopuszcza do egzaminu (test) obejmującego zagadnienia z wiedzy teoretycznej (wykład) oraz umiejętności praktyczne (laboratioria).
Literatura
- Wprowadzenie do bioinformatyki, Lesk Arthur, PWN, Warszawa 2019
- Bioinformatyka i ewolucja molekularna, Paul G. Higgs, PWN, Warszawa, 2011
- Podstawy bioinformatyki, Jin Xiong, Wydawnictwo UW, Warszawa 2011
- Understanding Bioinformatics, Zvelebil, Marketa J.; Baum, Jeremy O., Taylor & Francis Inc, 2007 (ISBN ISBN: 9780815340249)