Conducted in
terms:
2023Z, 2024Z
Erasmus code: 13.2
ECTS credits:
6
Language:
Polish
Organized by:
Faculty of Physics
Molecular modelling and computational structural biology 1 1100-3BP14
This course has not yet been described...
Course coordinators
Type of course
obligatory courses
Prerequisites (description)
(in Polish) Zakres wiedzy z Pracowni Technologii Informacyjnej z I roku uznawany przez prowadzącego za podstawowy: znajomość edytora vi lub vim, podstawowe polecenia powłokowe (1.metaznaki (*,? i [...] oraz rozwijające nazwy ścieżek); 2.wyrażenia regularne (znak kropki, symbole: $, ^,*,[] i [^], {m,n}, (...), operatory rozszerzające w egrep i awk); 3.filtry (polecenia: grep, egrep, fgrep, cut, sort, uniq, tr, edytor strumieniowy sed, filtr tekstowy awk); 4.przeadresowania wejścia-wyjścia (operator: >, <, >>, <<[-]ogr, 2>, 2>&1, zmienna noclobber), 4.potoki (polecenie tee))oraz ssh i scp- materiały dostępne na www.bioexploratorium.pl/wiki
Zakres wiedzy ze znajomości struktury i właściwości podstawowych aminokwasów - polecana książka: Biochemia L. Stryer.
Learning outcomes
Students learn the basics of mathematical modeling and computer biomolecular systems, dynamics and simulation of selected regulatory processes using the methods of mechanic and molecular
dynamics, Monte-Carlo methods, molecular models, and the basics of systems theory. Students become familiar with well-known and popular molecular modeling and design packages as well as
the virtual reality technology. The lecture and exercises prepare students for independent modeling of biomolecular systems and designing of enzyme inhibitors – potential drugs.